मारुति वैगनआर फ्लेक्स फ्यूल प्रोटोटाइप का पावरट्रेन 12 लीटर स्वाभाविक रूप से एस्पिरेटेड पेट्रोल इंजन है। यह ई20 से लेकर ई85 तक के फ्लेक्स फ्यूल रेंज पर चल सकता है
इसका पेट्रोल यूनिट 88.5 bhp की पावर और 113 Nm का टॉर्क जेनरेट करता है। मारुति सुजुकी ने इथेनॉल जंग से बचाने के लिए पेट्रोल इंजन में विशेष संशोधन किए हैं